制药工程专业依托南京大学化学化工学院、医学院办学，遵循“宽口径、厚基础、重应用”的人才培养原则，以“产学研用”为主线，培养适应现代医药工业需要，能力强、素质高、具有创新意识的高级应用技术型人才。该专业建有设备完善的药物化学实验室、药剂学实验室、药物分析实验室和制药工艺综合实验室，同时依托金陵学院化学与生命科学学院的国家级大学化学实验教学中心。凭借毗邻国家级江北新区生物医药谷的地域优势，已拥有南大药业、南京亿华药业有限公司、南京药石药物发展有限公司、金斯瑞生物科技有限公司、药捷安康生物科技有限公司、南京复兴生物有限公司以及南京高新生物医药公共服务平台以及七个校外实习基地。