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生物工程专业始建于1991年，是教育部定位为我校面向全国招生、重点共建的三个特色专业之一。该专业所属学科拥有《生物学》一级学科硕士学位授权点和《发酵工程》二级学科硕士学位授权点，以及《生物学》河南省一级重点学科。农产品产后微生物检测与防控河南省重点实验室培育基地和河南省工业微生物菌种保藏与选育河南省工程实验室培育基地。拥有“微生物与人体健康”省级精品视频公开课、及“食品微生物”省级精品资源共享课程。现有专职教师24名，其中有教授6人，副教授12人，具有博士学位的教师18人。专业实验室面积2000余平方米，实验仪器设备台套数2000多件，总值1000余万元。

毕业生可在生物工程相关企业、生物制品等领域从事生物工业菌种选育、生物工艺与工程设计、生物工业产品质量监测与控制，以及生物新工艺、新产品的研究与开发等工作，或继续攻读生物工程及相关专业的硕士学位。也可选择申请我校与国（境）外开展合作办学的高校继续进行深造学习。