院系设置
人文与艺术学部(文学部)
人文学院，新闻传播学院
外文学院，艺术学院
国学研究院，海外教育学院，国际学院
社会科学学部(社科学部)
经济学院，王亚南经济研究院
管理学院，财务管理与会计研究院
法学院，厦门国际法高等研究院
知识产权研究院，公共事务学院
公共政策研究院，马克思主义学院
国际关系学院，教育研究院
台湾研究院，南洋研究院
海峡两岸发展研究院，体育教学部
继续教育学院，南海研究院
两岸关系和平发展协同创新中心，高等教育质量建设协同创新中心
自然科学学部(理学部)
数学科学学院，物理科学与技术学院(理学部分)
化学化工学院(理学部分)，固体表面物理化学国家重点实验室，能源材料化学协同创新中心
工程技术学部(工学部)
物理科学与技术学院(工学部分)，化学化工学院(工学部分)
信息科学与技术学院，软件学院
材料学院，建筑与土木工程学院
能源学院，萨本栋微米纳米科学技术研究院
醇醚酯化工清洁生产国家工程实验室，厦门大学生物仿生及软物质研究院
航空航天学院，石墨烯工程与产业研究院
电子科学与技术学院(国家示范性微电子学院)，产业技术研究院
医学与生命科学学部(医学部)
生命科学学院，公共卫生学院
药学院，医学院
细胞应激生物学国家重点实验室，分子疫苗学和分子诊断学国家重点实验室
国家传染病诊断试剂与疫苗工程技术研究中心，生物医学研究院
附属中山医院，附属第一医院
附属东南医院，附属东方医院
附属厦门眼科中心，附属成功医院
附属福州二院，附属翔安医院(附属医院筹备组)
附属心血管病医院，附属妇女儿童医院
厦大实验动物中心，细胞生物学协同创新中心
地球科学与技术学部(地学部)
海洋与地球学院，环境与生态学院
海洋与海岸带发展研究院，近海海洋环境科学国家重点实验室，科考船运行管理中心
