学校专门设有毕业生就业指导中心，帮助推荐、指导毕业生就业，积极实施“订单式”培养，已与多家知名企业签订长期人才培养协议。30多年来，学校培养出了几万名各类高级应用人才，受到用人单位普遍欢迎，有些已成为跨国公司（如美国通用电气公司等）的专家或骨干，有些已成为政府机关公务员，有些已走上了领导岗位。在南通建筑铁军中有近一半的项目经理出自我校。近五年来，化工类、纺织类、建筑类、旅管类等专业就业率达100%，连续五次被省政府授予“江苏省就业工作先进单位”。毕业生流向越来越好，落实在高新技术企业、有一定影响力且待遇较好的内、外资企业的毕业生占到了毕业生总数的一半，还有部分优秀学生被国家机关、事业单位录用。随着信息化带动工业化“300”工程的启动，南通职业大学作为南通市建立的6个信息技术应用服务平台之一，将有力的发挥智力资源的聚合效应，为传统产业注入新的活力。截止2009年5月底，09年毕业生协议就业率已达81%。