学校设有19个学院、系、部，并设立研究生院和生命科学研究院。有“973”首席科学家2人、 国家“千人计划”专家4人、“长江学者”3人，专任教师2229人，其中高级专业技术人员1482人、博士生导师218人，以及 “卫生部突出贡献中青年专家”、“国家杰出青年科学基金获得者”、国家“百千万人才工程”人选、教育部“新世纪优秀人才支持计划”人选等高层次人才近百人。

学校现有附属医院6所（综合性医院4所，儿童医院、口腔医院各1所）。在《2011年中国最佳医院综合排行榜》（全国100所）中，附属儿童医院、附属第一医院、附属第二医院分别排名第49位、第68位、第94位。各附属医院共拥有国家临床重点专科20个，居全国前列。医院开放床位10000余张，年门诊量790余万人次，年收治住院病人近39万人次。另有3所附属医院正在建设阶段。此外，有9所非直属附属医院和30多所教学医院分布在重庆、四川及深圳等地。