生物工程专业培养掌握现代生物技术及其产业化的科学原理、工艺过程和工程设计等基础理论、基本技能，具有良好的科学素养和创新能力，能在生物制药、食品、能源化工及其他领域的企业或研究院所从事技术或生产管理等方面工作的人才。
本专业注重学生实践教学和动手能力培养，专业课中实验课的比例占40%-50%。经过多年的办学实践，探索通过教师开展科学研究结合大学生创新实验项目推动创新人才培养的模式，实现了科学研究、人才培养和科技创新培育的有机结合。在“本科生全程导师制”体系下，学院设计开展了以“育苗计划-苗圃计划-青林计划”为主要内容的拔尖创新型人才培养体系，学生从一年级开始就可以进实验室参与科研项目。学院专门成立了大学生创新创业实践基地，通过参加“国家大学生创新实验项目”、国内外高水平的科技竞赛和组织丰富多彩的科技活动提高学生的创新能力。近3年本科生先后组建队伍赴美国参加国际遗传工程机器大赛（iGEM）获金奖2次，银奖1次，铜奖1次；参加“全国大学生生命科学创新创业大赛”获得一等奖4次。本科生发表SCI高水平学术论文17篇。